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FAQ-Q6

图 1. DNA 样本经不同建库方案的文库产出和捕获表现。A. 文库产出;B. 捕获数据的比对率。

注:样本来源为  50 ng 人类基因组 DNA 标准品 (Promega, G1521)。测序模式为 Illumina Novaseq 6000, PE150。

FAQ-Q7


图 2 . RNA 样本经不同建库方案的捕获文库的 ERCC 表达谱相关性。A. NadPrep® RNA & DNA Library Co-Preparation Module ;B. NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 衔接 NadPrep® DNA Library Preparation Module 。

注:样本来源为 K562 细胞系 RNA,起始投入量为 50 ng;预文库投入量 200 ng。


建议严格按照使用说明中要求进行使用和保存。内部测试 Bisulfite Reagent 在开盖超过 3 次后,文库产出略微降低, Lambda DNA 转化率无明显影响;为了达到产品最佳性能,建议开盖不超过 3 次。

该方案适用于绝大部分不同等级的细胞、组织来源的 RNA,但降解严重的 FFPE 样本 (DV 200 < 20%) rRNA 则不推荐使用。
可以。该方案衔接 RNA 文库构建试剂盒用于总 RNA 测序 (RNA-Seq) 的文库制备。若选择第三方 RNA 文库构建试剂盒,则推荐使用 NEBNext® Ultra™ II RNA Library Prep Kit for Illumina® (NEB,Cat # E7770L)、KAPA RNA HyperPrep Kit (Roche,Cat # KK8541) 。使用其他品牌 RNA 建库试剂盒请咨询纳昂达技术支持。
该产品中含有大量的 rRNA ssDNA 封阻试剂,搭配使用 NadPrep® 总 RNA 反转模块得到的双链 DNA 纯化产物中会产生少许 ssDNA 残留。使用核酸荧光定量仪对双链 DNA 进行定量时,残留的 ssDNA 会影响双链 DNA 结果,导致产量偏高,但残留的 rRNA ssDNA 封阻试剂不会影响后续文库构建等分子生物学实验。
均不能。甲基化接头是修饰过的,不能使用普通接头替换;甲基化转化后的文库富含 AT,必须使用甲基化建库试剂盒中适合于扩增 AT-rich 的 2×HiFi-Methyl PCR Master Mix。
人源基因组只有 CpG 中的 C 会发生甲基化修饰,未转化文库的 Human DNA CHG/CHH 指标高。可使用该参数粗略评估转化效率,其准确性与 Lambda DNA CpG Conversion 相比较差。
基因组 DNA 与 Lambda DNA 拷贝数按照 1:10 比例混合,理论上测序深度 1:10。
通过向 gDNA 样本添加 Lambda DNA,然后评估 Lambda DNA CpG 转化率,要求 Lambda DNA 转化效率 >99%。Lambda DNA 添加方式为:1ug gDNA+165pg Lambda DNA,混合均匀后进行 Covaris 打断。