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RAD50
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RAD51B
RAD51C
RAD51D
RAD52
RAD54L
RBBP8
RPA1
SLX4
XRCC2
TP53
PPP2R2A
捕获表现
图 1. HRR Panel v1.0 的捕获表现。 A. 比对率、中靶率及靶区域覆盖度,B. 靶区域的覆盖均一性和一致性。人类男性基因组 DNA (Promega, G1471) 利用 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for Illumina®) 建库, 以 HRR Panel v1.0 进行捕获,NovaSeq 6000,PE150 测序,按照 reads 数计算。
变异分析
图 2. HRR Panel v1.0 应用于标准品的变异分析表现。泛肿瘤 800 gDNA 标准品 (菁良,GW-OGTM800) 利用 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for Illumina®) 建库, 以 HRR Panel v1.0 进行杂交捕获,NovaSeq 6000,PE150 测序, Vardict 进行变异分析。
与 HiSNP Ultra Panel 混合捕获表现
图 3. HRR Panel v1.0 和 HiSNP Ultra Panel v1.0 混合使用时的捕获表现。人类男性基因组 DNA (Promega, G1471, Normal),泛肿瘤 800 gDNA 标准品 (菁良,GW-OGTM800) 和肿瘤 SNV 野生型 gDNA 标准品 (菁良,GW-OGTM005),分别利用 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for Illumina®) 建库, 以 HRR Panel v1.0 和 HiSNP Ultra Panel v1.0 等摩尔浓度混合后进行杂交捕获,NovaSeq 6000,PE150 测序,按照 reads 数计算。A. 比对率和中靶率,B-C. 靶区域的覆盖均一性和一致性。
货号 |
管盖
颜色 |
产品名称 |
包装体积 |
包装/储存温度 |
1001931 |
|
HRR Panel v1.0, 96 rxn |
415 μL |
–20℃ |
可能原因 | 解决方案 |
样本存在反应抑制剂 (如 EDTA、高 pH 值等) | 对样本进行纯化后再进行试验 |
试剂保存不当 | 试剂总量较大时,建议分装使用,避免反复冻融 |
推荐如下:
• 对于 Size 分布均一、所需测序数据量相同的文库,一般在文库混杂投入比>50 % 的前提下,推荐 500 ng/文库的投入量,以期提高文库丰富度,降低测序数据的重复率;
• 对于 Size 分布不均一、样本质量差异较大、所需测序数据量不同的文库,一般在文库混杂比>50 % 的前提下,推荐按照摩尔量进行相应比例的混合。
注:1. 混杂投入比=样本进入杂交反应的文库量/样本实际文库构建产出总量*100 %;
2. moles of dsDNA (mol) = mass of dsDNA (g) / ((length of dsDNA (bp) x 617.96 g/mol) + 36.04 g/mol)
目前混合文库的浓缩推荐采用真空浓缩法或磁珠浓缩法,具体操作可参考DNA文库杂交捕获操作指南。相关测试结果表明不同浓缩法的结果基本一致,仅存在轻微GC差异偏好。但真空法更经济、操作简单,而磁珠法则可适配自动化工作站,可根据具体情况进行选择:
浓缩方式 |
优点 |
缺点 |
真空浓缩 |
操作简便、时间可控、损失低 |
需要真空浓缩仪 |
磁珠浓缩 |
无需另购仪器、可适配自动化工作站 |
存在DNA损失且需求试剂量增加、存在GC偏好性 |
捕获终文库得量与许多因素存在相关性,除去实验操作影响外,一般会有以下理论影响因素:样本类型、起始混杂文库总量、Panel 大小、杂交时长、扩增循环数等。为获得良好的实验数据,在满足上机测序所需用量的前提下,应尽量控制捕获后扩增循环数。Illumina®平台在上机测序前会对文库进行指数式扩增的成簇反应,故所需的上机文库总量较低(具体需要根据各测序仪型号以及测序公司要求决定)。对于不同 Panel,可在实验初期参考以下推荐列表,后期再根据具体结果进行调整:
Panel大小 |
1-plex (500 ng) |
4-plex (2,000 ng) |
8-plex (4,000 ng) |
12-plex (6,000 ng) |
---|---|---|---|---|
>10 Mb |
10 cycles |
8 cycles |
7 cycles |
6 cycles |
1 Mb-10 Mb |
12 cycles |
10 cycles |
9 cycles |
8 cycles |
50 Kb- 1Mb |
13 cycles |
11 cycles |
10 cycles |
10 cycles |
1 Kb-50 Kb |
14 cycles |
12 cycles |
11 cycles |
11 cycles |
针对纳昂达商品化 Panel,可参考下表进行选择:
Panel名称 |
大小 |
混杂 |
Post-Capture 扩增循环数 |
捕获文库产出(ng) |
---|---|---|---|---|
Exome Plus Panel 2.0 |
~46 Mb |
1-plex(500 ng) |
8 |
~70 |
12-plex(6,000 ng) |
6 |
~200 |
||
NanOnco Plus Panel v2.0 |
~2.6 Mb |
1-plex(500 ng) |
10 |
~120 |
12-plex(6,000 ng) |
7 |
~80 |
||
NanoHema Research Panel v1.0 |
~1 Mb |
1-plex(500 ng) |
11 |
~70 |
12-plex(6,000 ng) |
7 |
~80 |
||
NanOnCT Panel v1.0 |
~0.4 Mb |
1-plex(500 ng) |
12 |
~80 |
12-plex(6,000 ng) |
8 |
~80 |
||
LungCancer Panel v1.0 |
~0.23 Mb |
1-plex(500 ng) |
14 |
~100 |
12-plex(6,000 ng) |
11 |
~70 |
捕获终文库得量与许多因素存在相关性,除去实验操作影响外,一般会有以下理论影响因素:样本类型、起始混杂文库总量、Panel大小、杂交时长、扩增循环数等。为获得良好的实验数据,在满足上机测序所需用量的前提下,应尽量控制捕获后扩增循环数。MGI测序平台需要在上机前对文库进行环化,接着再进行滚环式扩增成DNA纳米球(DNA Nanoball)的过程。故所需的上机文库总量高于Illumina® 平台(具体需要根据各测序仪型号以及测序公司要求决定)。根据NadPrep®通用环化试剂盒(for MGI)(货号:1002231)使用说明书V1.0版本描述,环化所需文库推荐投入量至少>1 pmol,因此我们推荐:
• 对于大型Panel的多样本混杂文库,由于可能所测数据量较多,建议至少需要满足>1 pmol的总量(>300 ng);
• 对于大型Panel的少量样本混杂文库,由于后续会与其他文库混合上机测序,所需文库总量可适当降低。但建议混合送测文库总量>1 pmol(>300 ng);
对于小型Panel的混杂文库,由于后续会与其他文库混合上机测序,所需文库总量可适当降低。但建议混合送测文库总量>1 pmol(>300 ng)。
基于上述总量,针对特定类型的Panel,可根据测试结果调整捕获后扩增循环数。针对纳昂达商品化Panel,可参考下表:
Panel名称 |
大小 |
混杂 |
Post-Capture扩增循环数 |
捕获文库产出(ng) |
Exome Plus Panel 2.0 |
~46 Mb |
1-plex(500 ng) |
8 |
~70 |
|
|
12-plex(6,000 ng) |
6 |
~200 |
NanOnco Plus Panel v2.0 |
~2.6 Mb |
1-plex(500 ng) |
10 |
~120 |
|
|
12-plex(6,000 ng) |
7 |
~80 |
NanoHema Research Panel v1.0 |
~1 Mb |
1-plex(500 ng) |
11 |
~70 |
|
|
12-plex(6,000 ng) |
7 |
~80 |
NanOnCT Panel v1.0 |
~0.4 Mb |
1-plex(500 ng) |
12 |
~80 |
|
|
12-plex(6,000 ng) |
8 |
~80 |
LungCancer Panel v1.0 |
~0.23 Mb |
1-plex(500 ng) |
14 |
~100 |
|
|
12-plex(6,000 ng) |
11 |
~70 |
针对NadPrep®系列产品,在文库构建及靶向捕获时的扩增引物如下:
接头类型 |
Pre-Capture 扩增引物 |
Post-Capture 扩增引物 |
测序平台 |
---|---|---|---|
NadPrep®UDI Adapter |
NadPrep®Amplification Primer Mix |
NadPrep®Amplification Primer Mix |
Illumina®平台 |
NadPrep®M-Adapter / BMI Adapter (SI) |
NadPrep®M-Index Primer Mix (SI) |
M-Amplification Primer Mix (SI) |
MGI平台 |
NadPrep®M-Adapter / BMI Adapter (DI) |
NadPrep®M-Index Primer Mix (MDI) |
M-Amplification Primer Mix (DI) |
MGI平台 |
NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) |
NadPrep® Universal UDI-Index Primer Mix |
Amplification Primer Mix Ⅱ |
Illumina®/MGI 平台 |
NadPrep®通用型文库构建试剂盒(96 rxn)已包含 Pre/Post-Capture 的相关引物。其中 Post-PCR 引物均为 Illumina 或 MGI 平台通用引物,也可使用其它同类型产品替代。
为了解除带有生物素标记的文库与链霉亲和素磁珠的结合,可尝试使用以下二者操作之一(或参考 M270 磁珠官方建议):
• 溶于 10 mM EDTA、95% 甲酰胺、pH 8.2 的溶液中,混匀并于 65℃下加热 5 min或 90℃下加热 2 min;
• 溶于 0.1 % SDS,混匀并加热煮沸 5 min。
尽管杂交捕获体系已经过优化,适用于更短时间的杂交。但与 16 h 杂交相比,不同类型的 Panel 随着杂交时长的缩短,在捕获文库总量、捕获效率、覆盖均一性等方面皆存在不同程度的降低,详见下图。相比中大型 Panel(>0.4 Mb),小型 Panel(<0.4 Mb)受到的影响更大。对于有时效性要求的,可对大型 Panel 尝试缩短杂交时间,但不建议将此种情况用于小型 Panel。
产品 |
详情 |
货号 |
HRR Panel v1.0, 96 rxn |
96 rxn |
1001931 |
本产品仅限研究使用,不用于临床诊断。
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