捕获终文库得量与许多因素存在相关性,除去实验操作影响外,一般会有以下理论影响因素:样本类型、起始混杂文库总量、Panel大小、杂交时长、扩增循环数等。为获得良好的实验数据,在满足上机测序所需用量的前提下,应尽量控制捕获后扩增循环数。MGI测序平台需要在上机前对文库进行环化,接着再进行滚环式扩增成DNA纳米球(DNA Nanoball)的过程。故所需的上机文库总量高于Illumina® 平台(具体需要根据各测序仪型号以及测序公司要求决定)。根据NadPrep®通用环化试剂盒(for MGI)(货号:1002231)使用说明书V1.0版本描述,环化所需文库推荐投入量至少>1 pmol,因此我们推荐:
• 对于大型Panel的多样本混杂文库,由于可能所测数据量较多,建议至少需要满足>1 pmol的总量(>300 ng);
• 对于大型Panel的少量样本混杂文库,由于后续会与其他文库混合上机测序,所需文库总量可适当降低。但建议混合送测文库总量>1 pmol(>300 ng);
对于小型Panel的混杂文库,由于后续会与其他文库混合上机测序,所需文库总量可适当降低。但建议混合送测文库总量>1 pmol(>300 ng)。
基于上述总量,针对特定类型的Panel,可根据测试结果调整捕获后扩增循环数。针对纳昂达商品化Panel,可参考下表:
|
Panel名称 |
大小 |
混杂 |
Post-Capture扩增循环数 |
捕获文库产出(ng) |
|
Exome Plus Panel 2.0 |
~46 Mb |
1-plex(500 ng) |
8 |
~70 |
|
|
|
12-plex(6,000 ng) |
6 |
~200 |
|
NanOnco Plus Panel v2.0 |
~2.6 Mb |
1-plex(500 ng) |
10 |
~120 |
|
|
|
12-plex(6,000 ng) |
7 |
~80 |
|
NanoHema Research Panel v1.0 |
~1 Mb |
1-plex(500 ng) |
11 |
~70 |
|
|
|
12-plex(6,000 ng) |
7 |
~80 |
|
NanOnCT Panel v1.0 |
~0.4 Mb |
1-plex(500 ng) |
12 |
~80 |
|
|
|
12-plex(6,000 ng) |
8 |
~80 |
|
LungCancer Panel v1.0 |
~0.23 Mb |
1-plex(500 ng) |
14 |
~100 |
|
|
|
12-plex(6,000 ng) |
11 |
~70 |
针对NadPrep®系列产品,在文库构建及靶向捕获时的扩增引物如下:
|
接头类型 |
Pre-Capture 扩增引物 |
Post-Capture 扩增引物 |
测序平台 |
|---|---|---|---|
|
NadPrep®UDI Adapter |
NadPrep®Amplification Primer Mix |
NadPrep®Amplification Primer Mix |
Illumina®平台 |
|
NadPrep®M-Adapter / BMI Adapter (SI) |
NadPrep®M-Index Primer Mix (SI) |
M-Amplification Primer Mix (SI) |
MGI平台 |
|
NadPrep®M-Adapter / BMI Adapter (DI) |
NadPrep®M-Index Primer Mix (MDI) |
M-Amplification Primer Mix (DI) |
MGI平台 |
|
NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) |
NadPrep® Universal UDI-Index Primer Mix |
Amplification Primer Mix Ⅱ |
Illumina®/MGI 平台 |
NadPrep®通用型文库构建试剂盒(96 rxn)已包含 Pre/Post-Capture 的相关引物。其中 Post-PCR 引物均为 Illumina 或 MGI 平台通用引物,也可使用其它同类型产品替代。
含单端 10 nt Index 接头类型的文库应使用 NadPrep® NanoBlockers (for MGI, SI);含双端 10 nt
Index 接头类型文库应使用 NadPrep® NanoBlockers (for MGI, DI)。两种类型的文库应分别进行杂交捕获。
不可以。若投入 500 ng/文库,一般进行 12 杂,共计 6 µg 的文库总量的杂交捕获时,均可得到有效封闭。
为了解除带有生物素标记的文库与链霉亲和素磁珠的结合,可尝试使用以下二者操作之一(或参考 M270 磁珠官方建议):
• 溶于 10 mM EDTA、95% 甲酰胺、pH 8.2 的溶液中,混匀并于 65℃下加热 5 min或 90℃下加热 2 min;
• 溶于 0.1 % SDS,混匀并加热煮沸 5 min。
尽管杂交捕获体系已经过优化,适用于更短时间的杂交。但与 16 h 杂交相比,不同类型的 Panel 随着杂交时长的缩短,在捕获文库总量、捕获效率、覆盖均一性等方面皆存在不同程度的降低,详见下图。相比中大型 Panel(>0.4 Mb),小型 Panel(<0.4 Mb)受到的影响更大。对于有时效性要求的,可对大型 Panel 尝试缩短杂交时间,但不建议将此种情况用于小型 Panel。