新品上线 | NadPrep®️ 快速杂交捕获以简驭繁
浏览量：5237 / 发布时间：2023-03-20
产品特色
● 精简洗脱 Buffer 种类为 1 种，减少人为操作失误的可能性；
● 简化实验流程，操作更便捷友好，利于自动化工作站开展；
● 支持在 0.5-4 hr 快速杂交或 16 hr 过夜杂交中灵活选择；
● 支持调整杂交时间以优化捕获性能；
产品表现
不同杂交时间的捕获表现
图 1. NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents 不同杂交时间的捕获表现。100 ng Human Genomic DNA (Promega, G1471)，使用 NadPrep® 快速 DNA 酶切文库构建
试剂盒 v2，25℃ 片段化 25 min 进行预文库构建；500 ng/预文库投入，分别参照 NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents (0.5/1/2/4/16 hr_ES) 和 NadPrep® Hybrid
Capture Reagents (16 hr_Trad.) 的杂交捕获操作指南。测序模式：Illumina Novaseq 6000，PE 150 和 DNBSEQ-T7，PE 150。选取适量数据用于后续分析，利用 BWA 比
对到参考基因组 hg38，On-target 按照 reads 数计算。 A. 中靶率；B. Fold 80 base penalty；C. 0.2x mean depth；D. 0.5x mean depth。
注：捕获 Panel 中 41.7 Mb 、2.6 Mb 和 0.23 Mb 分别为 NEXome Core Panel、NanOnco Plus Panel v2.0 和 LungCancer Panel v1.0。
注：捕获 Panel 中 41.7 Mb 、2.6 Mb 和 0.23 Mb 分别为 NEXome Core Panel、NanOnco Plus Panel v2.0 和 LungCancer Panel v1.0。
不同大小 Panel 的捕获表现
图 2. NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents 不同大小 Panel 杂交 2 hr 的捕获表现。100 ng Human Genomic DNA (Promega, G1471)，使用 NadPrep® 快速 DNA 酶切文库构建试剂盒 v2，25℃ 片段化 25 min 进行预文库构建；500 ng/预文库投入，参照 NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents 的杂交捕获操作指南。 测序模式：DNBSEQ-T7，PE 150。选取适量数据用于后续分析，利用 BWA 比对 到参考基因组 hg38，On-target 按照 reads 数计算。A. 捕获数据的中靶率和比对 率；B. 靶区域覆盖度；C. Fold 80 base penalty 和重复率。
注：捕获 Panel 中 3.27 Mb 、0.38 Mb 和 0.028 Mb 分别为 HiSNP Plus Panel v1.0、 NanOnCT Panel v1.0 和 NanoID Panel v1.0，其余同上。
不同测序平台的捕获表现
图 3. NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents 在不同测序平台的捕获表现。100 ng Human Genomic DNA (Promega, G1471)，使用 NadPrep® 快速 DNA 酶切文库构建试剂盒 v2，25℃ 片段化 25 min 进行预文库构建；500 ng/预文库投入，参照 NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents 的杂交捕获操作指南。测序模式：Illumina Novaseq 6000，PE 150 和 DNBSEQ-T7，PE 150。选取适量数据用于后续分析，利用 BWA 比对到参考基因组 hg38，On-target 按照 reads 数计算。 A. 捕获数据的中靶率和比对率；B. 靶区域覆盖度；C. Fold 80 base penalty 和重复率；D. GC 偏好性。
注：GC 偏好性仅以 2.6 Mb Panel 进行展示 。
注：GC 偏好性仅以 2.6 Mb Panel 进行展示 。
多种变异分析
图 4. NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents 捕获数据中变异频率与标准品频率的一致性。50 ng 泛肿瘤 800 gDNA 标准品 (菁良，GW-OGTM800) 利用 NadPrep® 快速 DNA 酶切文库构建试剂盒 v2，25℃ 片段化 25 min 进行预文库构建；500 ng/预文库投入，参照 NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents 和 NadPrep® Hybrid Capture Reagents 的杂交捕获操作指南，以 0.23 Mb Panel 分别进行 1 hr 的快速杂交 (1 hr_ES) 和 16 hr 的过夜杂交 (16 hr_Trad.)。测序模式：Illumina Novaseq 6000，PE 150 和 DNBSEQ-T7，PE 150。选取适量数据以 Vardict 进行变异分析。
