μCaler®️ MRD Solution
#1103111 #1103112 #1103113 #1103114
μCaler® Panel 是基于纳昂达自主知识产权采取创新型方案设计推出的商品化或定制化 Panel (μCaler® Custom Panel)，必须与 μCaler® MRD Solution 搭配使用，其能够在反应体系中快速寻找结合位置，多条探针结合目标区域后进一步稳固。
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μCaler® Hybrid System 工作原理示意图
- 探针寻找靶标形成稳定结合
- 多条探针共轭效应快速结合进一步稳固
产品特色
- 搭载分子标签接头，满足 MRD 对于低频突变分析的要求
- 快速杂交，单日内完成捕获文库构建的全流程
- 专门针对小 Panel 设计优化，具有出色稳定的捕获表现
- 实验流程简化升级，操作更便捷
产品表现
更快速
更稳定
不同样本类型及投入量
图 1. μCaler® MRD Solution 对不同起始投入量的 cfDNA 和 gDNA 文库的捕获表现。A. 捕获数据比对率和捕获效率；B. 靶区域覆盖度；C. Fold 80 base penalty。健康人源混合 cfDNA 标准品和健康人类基因组 DNA (Promega，G1471) 利用 μCaler® MRD Solution (for Illumina®) 和 M71 (8.5 Kb, GC range 25-70%) 完成杂交捕获。利用 BWA 比对到参考基因组 hg38，On-target 按照 reads 数计算。测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。
不同类型 Panel
图 2. μCaler® MRD Solution 对不同类型 Panel 的捕获表现。A. 捕获数据比对率和捕获效率；B. 靶区域覆盖度；C. Fold 80 base penalty。健康人类基因组 DNA (Promega，G1471) 利用 μCaler® MRD Solution (for Illumina®)，分别以 M27 (3.2 Kb, GC range 25-55%)、M44 (5.28 Kb, GC range 25-70%)、M50 (5 Kb, GC range 37-90%) 和 M580 (58 Kb, GC range 19-99%) 完成杂交捕获。利用 BWA 比对到参考基因组 hg38，On-target 按照 reads 数计算。测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。
标准品变异一致性分析
样本来源于泛肿瘤 800 gDNA 标准品 (Genewell, GW-OGTM800) 健康人类基因组 DNA (Promega, G1471) 分别按 10：0 和 1：9 混合，人工模拟不同突变频率。泛肿瘤 800 gDNA 标准品不同突变位点的理论突变频率如下：
图 3. μCaler® Panel 和 Traditional Panel 捕获数据中变异频率与标准品频率的一致性。30 ng 模拟样本利用 μCaler® Hybrid System 和传统杂交捕获体系， 分别以 μCaler® Panel 和 Traditional Panel 完成杂交捕获，DownSampling 每样本数据至去重前 80,000x 测序深度分析突变的检出一致性 (预文库含 UMI 分子标签)，分析过滤标准为单链一致性序列 (family size ≥ 3) (SSCS ≥ 3)。测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。
定制 SNP 组合模拟低频突变的极限检出
样本来源于 2 名健康捐献者的 gDNA 分别以 99：1、999：1 以及 9999：1 的比例混合，人工模拟不同突变频率。
图 4. μCaler® Panel 和 Traditional Panel 对低频突变的检出表现。50 ng 模拟样本利用 μCaler® Hybrid System 和传统杂交捕获体系， 分别以 μCaler® Panel (~ 3 Kb target region，覆盖 30 个等位基因位点) 和 Traditional Panel (~ 42 Kb target region，覆盖 160 个等位基因位点，包含上述 30 个位点) 完成杂交捕获，3 次 Downsampling 每一对样本至同一深度 (预文库含 UMI 分子标签)，以双链一致性序列 (DCS211) 以及 SSCS ≥ 3 分析突变位点的检出情况。支持突变的平均有效 reads ≥1 判为阳性。测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。
图 5. μCaler® Panel 和 Traditional Panel 对低频突变的检出及理论检出的比较分析。
注：Theoretical number of mutation 为 DCS211 深度 2,750x，不同突变频率做 10,000 次随机取样，突变检出的分布规律。
通用建库模块
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包装编号
管盖颜色
组分名称
包装体积
1002101 (24 rxn)
包装体积
1002103 (96 rxn)
Box1
EndRepair & A-Tailing Buffer
180 µL
690 µL
End Repair & A-Tailing Enzyme
120 µL
460 µL
Ligation Buffer
750 µL
2×1500 µL
DNA Ligase
65 µL
250 µL
2X HiFi PCR Master Mix
720 µL
2×1600 µL
NadPrep
Amplification Primer Mix II
145 µL
650 µL
Nuclease Free Water
2.5 mL
8 mL
TE Solution
1 mL
4 mL
Box2
NadPrep SP Beads
4 mL
15 mL
| 包装编号 | 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1002211(24 rxn) |
包装体积 1002212 (96 rxn) |
| Box1 |
|
EndRepair & A-Tailing Buffer | 180 µL | 690 µL |
|
|
End Repair & A-Tailing Enzyme | 120 µL | 460µL | |
|
|
Ligation Buffer | 750 µL | 2×1500 µL | |
|
|
DNA Ligase | 65 µL | 250 µL | |
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|
2X HiFi PCR Master Mix | 720 µL | 2×1600 µL | |
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NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, SI) | 20 µL | 75 µL | |
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NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI) | 20 µL | 75 µL | |
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/ |
Nuclease Free Water | 2.5 mL | 8 mL | |
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TE Solution | 1 mL | 4 mL | |
| Box2 |
/ |
NadPrep SP Beads | 4 mL | 15 mL |
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1103111 (24 rxn) |
包装体积 1103121 (96 rxn) |
包装体积 1103122 (96 rxn) |
|
|
NadPrep Universal UDI-Index Primer Mix # | 12×15 µL | 24×25 µL | 24×25 µL |
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|
NadPrep UMI Adapter | 60 µL | 230 µL | 230 µL |
|
|
NadPrep Amplification Primer Mix II | 20 μL | 75 μL | 75 μL |
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1003911 (24 rxn) |
包装体积 1003921 (96 rxn) |
包装体积 1003922(96 rxn) |
包装体积 1003925 (96 rxn) |
包装体积 1003926 (96 rxn) |
|
|
NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # | 12×15 µL | 24×25 µL | 24×25 µL | 24×25 µL | 24×25 µL |
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|
NadPrep BMI-Adapter | 60 µL | 230 µL | 230 µL | 230 µL | 230 µL |
封阻序列
| 管/瓶盖颜色 | 名称 |
包装体积 1106102 (16 rxn) |
包装体积 1106101 (96 rxn) |
|
|
μCaler® NanoBlockers (for Illumina®) | 40 μL | 210 μL |
| 管/瓶盖颜色 | 名称 |
包装体积 1106212 (16 rxn) |
包装体积 1106211 (96 rxn) |
|
|
μCaler® NanoBlockers (for MGI, DI) | 40 μL | 210 μL |
杂交捕获试剂
包装体积
1105202 (16 rxn)
包装体积
1105201 (96 rxn)
260
μL
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/
包装编号
管/瓶盖颜色
名称
Box 1
μHyb #1
840 μL
3×1700
μL
μHyb #2
130 μL
790
μL
Human Cot DNA
45 μL
μEnhancer
1300 μL
5×1600 μL
Box 2
Streptavidin Beads
480 μL
2.9
mL
Wash
Buffer A Pro
2×5.8
mL
3×23
mL
Wash Buffer B
2.9 mL
20
mL
捕获 Panel
| 货号 | 管/瓶盖颜色 | 名称 | 包装体积 |
| 1100100 |
|
μCaler Custom Panel, 24rxn | 60 μL |
| 类别 | 产品名称 | 规格 | 货号 |
| 建库模块 | NadPrep® DNA Library Preparation Kit (for Illumina®) G24 | 24 rxn | 1002101 |
| NadPrep® DNA Library Preparation Kit (for Illumina®) E96 | 96 rxn | 1002103 | |
| NadPrep®️ DNA Library Preparation Module (for MGI), 24 rxn | 24 rxn | 1002211 | |
| NadPrep®️ DNA Library Preparation Module (for MGI), 96 rxn | 96 rxn | 1002212 | |
| 分子标签接头模块 | NadPrep® UMI Adapter Kit Set A1 (with 10 nt Index), 24 rxn | 1-12 | 1103111 |
| NadPrep® UMI Adapter Kit Set B1 (with 10 nt Index), 96 rxn | 1-24 | 1103121 | |
| NadPrep® UMI Adapter Kit Set B2 (with 10 nt Index), 96 rxn | 25-48 | 1103122 | |
| NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn | MDI 1-12 | 1003911 | |
| NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn | MDI 1-24 | 1003921 | |
| NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn | MDI 25-48 | 1003922 | |
| NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B3 (for MGI), 96 rxn | MDI 49-72 | 1003925 | |
| NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B4 (for MGI), 96 rxn | MDI 73-96 | 1003926 | |
| 封阻序列 | μCaler® NanoBlockers (for Illumina®), 16 rxn | 16 rxn | 1106102 |
| μCaler® NanoBlockers (for Illumina®), 96 rxn | 96 rxn | 1106101 | |
| μCaler® NanoBlockers (for MGI, DI), 16 rxn | 16 rxn | 1106212 | |
| μCaler® NanoBlockers (for MGI, DI), 96 rxn | 96 rxn | 1106211 | |
| 杂交捕获试剂 | μCaler® Hybrid Capture Reagents v2, 16 rxn | 16 rxn | 1105202 |
| μCaler® Hybrid Capture Reagents v2, 96 rxn | 96 rxn | 1105201 | |
| 捕获 Panel | μCaler Custom Panel, 16 rxn | 16 rxn | 1101201 |
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