μCaler®️ Total Solution for AML
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方案表现
精准覆盖
● 参考多个数据库 (COSMIC & TCGA) 和指南，选取更有可能包含突变的区域
● ~90% 病例存在 1 个突变，~60% 病例存在 3 个及以上突变 (AML_OHSU_2022 cohort)
● 覆盖基因组约 42.5 Kb 区域，可检测 AML 相关 32 个基因的碱基替换、插入/缺失、基因融合
基因列表
注：*覆盖全部 CDS 区域；†覆盖融合相关内含子区域。
ASXL1
Exon 12,13
BRINP3
Exon 3,8
CBL
Exon 8,9
CEBPA*
Full CDS
DNMT3A
Exon 8-23
EZH2
Exon 4-6,8,13-20
FLT3
Exon 14,15,20
GATA2
Exon 3-6
HNRNPK
Exon 4-6,10,12,15,16
IDH1
Exon 4
IDH2
Exon 4
JAK2
Exon 14
KIT
Exon 8,17
KMT2A†
Intron 8-10
KRAS
Exon 2,3
MYH11†
Intron 32
NPM1
Exon 10,11
NRAS
Exon 2,3
PHF6*
Full CDS
PTEN
Exon 5,7
PTPN11
Exon 3,13
RAD21*
Full CDS
RUNX1*
Full CDS
SF3B1
Exon 14,15
SMC1A
EXON 2,9,11,13,15-17,22
SMC3
Exon 9,10,13,19,24,25,27
SRSF2
Exon 1
STAG2
Exon 4,5,7-9,14,16,18,19,24,26-30
TET2*
Full CDS
TP53*
Full CDS
U2AF1
Exon 2
WT1
Exon 6-9
低背景噪音
灵敏度更高
图 2. 不同 Input 条件下， μCaler® AML MRD 全流程解决方案与超声打断建库检测到的 Duplex depth (DCS211)。参照 μCaler® AML MRD 全流程解决方案使用说明书；以双链一致性序列 (Duplex Consensus Sequences, DCS211) 为标准进行过滤，测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。
测序成本更低
图 3. 达到特定深度下， μCaler® AML MRD 全流程解决方案与常规杂交捕获方式所需的最低测序数据量 (满足双链一致性分析)。
注：Traditional 为常规杂交捕获方式，按照中靶率 15% 计算。
稳定高效
图 4. μCaler® AML MRD 全流程解决方案不同实验批次的稳定性表现。A. 中靶率；B. 测序产出均一性。DNA 样本参照 μCaler® AML MRD 全流程解决方案使用说明书进行预文库构建和文库杂交。利用 BWA 比对到参考基因组 hg19，On-target 按照 reads 数计算。
高效便捷
捕获表现
注：样本来源于泛肿瘤 800 gDNA 标准品 (Genewell，GW-OGTM800) 与人类男性基因组 DNA 标准品 (Promega, G1471) 按比例混合，以模拟不同突变频率 (0.025%~0.1%) 的样本。
变异分析
注：测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。
NEM 片段化模块
| 管盖颜色 | 名称 |
包装体积 1002801（24 rxn） |
|
|
NEM Fragment Buffer | 60 μL |
|
|
NEM Fragment Enzyme Mix | 60 μL |
|
|
Stop Solution | 150 μL |
通用建库模块
/
/
包装编号
管盖颜色
组分名称
包装体积
1002101 (24 rxn)
包装体积
1002103 (96 rxn)
Box1
EndRepair & A-Tailing Buffer
180 µL
690 µL
End Repair & A-Tailing Enzyme
120 µL
460 µL
Ligation Buffer
750 µL
2×1500 µL
DNA Ligase
65 µL
250 µL
2X HiFi PCR Master Mix
720 µL
2×1600 µL
NadPrep
Amplification Primer Mix II
145 µL
650 µL
Nuclease Free Water
2.5 mL
8 mL
TE Solution
1 mL
4 mL
Box2
NadPrep SP Beads
4 mL
15 mL
| 包装编号 | 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1002211(24 rxn) |
包装体积 1002212 (96 rxn) |
| Box1 |
|
EndRepair & A-Tailing Buffer | 180 µL | 690 µL |
|
|
End Repair & A-Tailing Enzyme | 120 µL | 460µL | |
|
|
Ligation Buffer | 750 µL | 2×1500 µL | |
|
|
DNA Ligase | 65 µL | 250 µL | |
|
|
2X HiFi PCR Master Mix | 720 µL | 2×1600 µL | |
|
|
NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, SI) | 20 µL | 75 µL | |
|
|
NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI) | 20 µL | 75 µL | |
|
/ |
Nuclease Free Water | 2.5 mL | 8 mL | |
|
|
TE Solution | 1 mL | 4 mL | |
| Box2 |
/ |
NadPrep SP Beads | 4 mL | 15 mL |
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1103111 (24 rxn) |
包装体积 1103121 (96 rxn) |
包装体积 1103122 (96 rxn) |
|
|
NadPrep Universal UDI-Index Primer Mix # | 12×15 µL | 24×25 µL | 24×25 µL |
|
|
NadPrep UMI Adapter | 60 µL | 230 µL | 230 µL |
|
|
NadPrep Amplification Primer Mix II | 20 μL | 75 μL | 75 μL |
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1003911 (24 rxn) |
包装体积 1003921 (96 rxn) |
包装体积 1003922(96 rxn) |
包装体积 1003925 (96 rxn) |
包装体积 1003926 (96 rxn) |
|
|
NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # | 12×15 µL | 24×25 µL | 24×25 µL | 24×25 µL | 24×25 µL |
|
|
NadPrep BMI-Adapter | 60 µL | 230 µL | 230 µL | 230 µL | 230 µL |
封阻序列
| 管/瓶盖颜色 | 名称 |
包装体积 1106102 (16 rxn) |
包装体积 1106101 (96 rxn) |
|
|
μCaler NanoBlockers (for Illumina®) | 40 μL | 210 μL |
| 管/瓶盖颜色 | 名称 |
包装体积 1106212 (16 rxn) |
包装体积 1106211 (96 rxn) |
|
|
μCaler NanoBlockers (for MGI, DI) | 40 μL | 210 μL |
杂交捕获试剂
包装体积
1105202 (16 rxn)
包装体积
1105201 (96 rxn)
260
μL
/
/
包装编号
管/瓶盖颜色
名称
Box 1
μHyb #1
840 μL
3×1700
μL
μHyb #2
130 μL
790
μL
Human Cot DNA
45 μL
μEnhancer
1300 μL
5×1600 μL
Box 2
Streptavidin Beads
480 μL
2.9
mL
Wash
Buffer A Pro
2×5.8
mL
3×23
mL
Wash Buffer B
2.9 mL
20
mL
捕获 Panel
| 货号 | 管盖颜色 | 产品名称 | 包装体积 |
| 1101412 |
|
μCaler AML Panel v1.0, 16 rxn | 40 μL |
| 1101411 |
|
μCaler AML Panel v1.0, 96 rxn | 210 μL |
| 类别 | 产品名称 | 规格 | 货号 |
| NME 片段化模块 | NadPrep® NEM Fragment Module, 24 rxn | 24 rxn | 1002801 |
| 建库模块 | NadPrep® DNA Library Preparation Kit (for Illumina®) G24 | 24 rxn | 1002101 |
| NadPrep® DNA Library Preparation Kit (for Illumina®) E96 | 96 rxn | 1002103 | |
| NadPrep®️ DNA Library Preparation Module (for MGI), 24 rxn | 24 rxn | 1002211 | |
| NadPrep®️ DNA Library Preparation Module (for MGI), 96 rxn | 96 rxn | 1002212 | |
| 分子标签接头模块 | NadPrep® UMI Adapter Kit Set A1 (with 10 nt Index), 24 rxn | 1-12 | 1103111 |
| NadPrep® UMI Adapter Kit Set B1 (with 10 nt Index), 96 rxn | 1-24 | 1103121 | |
| NadPrep® UMI Adapter Kit Set B2 (with 10 nt Index), 96 rxn | 25-48 | 1103122 | |
| NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn | MDI 1-12 | 1003911 | |
| NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn | MDI 1-24 | 1003921 | |
| NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn | MDI 25-48 | 1003922 | |
| NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B3 (for MGI), 96 rxn | MDI 49-72 | 1003925 | |
| NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B4 (for MGI), 96 rxn | MDI 73-96 | 1003926 | |
| 封阻序列 | μCaler® NanoBlockers (for Illumina®), 16 rxn | 16 rxn | 1106102 |
| μCaler® NanoBlockers (for Illumina®), 96 rxn | 96 rxn | 1106101 | |
| μCaler® NanoBlockers (for MGI, DI), 16 rxn | 16 rxn | 1106212 | |
| μCaler® NanoBlockers (for MGI, DI), 96 rxn | 96 rxn | 1106211 | |
| 杂交捕获试剂 | μCaler® Hybrid Capture Reagents v2, 16 rxn | 16 rxn | 1105202 |
| μCaler® Hybrid Capture Reagents v2, 96 rxn | 96 rxn | 1105201 | |
| 捕获 Panel | μCaler® AML Panel v1.0, 16 rxn | 16 rxn | 1101412 |
| μCaler® AML Panel v1.0, 96 rxn | 96 rxn | 1101411 |
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