癌种 | Biomarker |
肺癌 (Lung Cancer) | SCT、HOXA7、RASSF1、SHOX2、PTGER4 |
结直肠癌 (Colorectal Carcinoma) | NDRG4、BCAT1、Septin9、BMP3、TFPI2、SDC2、SFRP2 |
胃癌 (Gastric Cancer) | Septin9、RNF180、TCF4、RPRM、SDC2、TERT |
肝癌 (Liver Cancer) | SCN4B、BDH1、HOXA10、PLAC8、BMPR1A、TEPP、SPACA6、MIXL1、TSC22D1 |
乳腺癌 (Breast Cancer) | CDO1、PITX2、GSTP1、GP5、APC |
膀胱癌 (Carcinoma Cancer) | SOX1、GALR1、DMRTA2、EVX2、SOX17、DCHS2、TWIST1、TBX5、HOXA11、SIM2、LHX2 |
前列腺癌 (Prostatic Cancer) | CCND2、CDH1、MCAM、PENK、PITX2、PTGS2、RARB、LINC02028、SLCO3A1、HES5、TPM4、FHAD1、SOX1-OT、IGFBP3、ZNF154、FEZF2、APC |
宫颈癌 (Cervical Cancer) | SOX1、PAX1、JAM3、TAFA4、ASTN1、DLX1、ITGA4、RXFP3、SOX17 |
卵巢癌 (Ovarian Cancer) | PCDHB18P、CDO1、HOXA9、LYPD5、CDH13、FOXD3、ZNF671、HOXA11、FBXO32、OPCML、BLACAT1、LRRC41、GNE、FAIM2、CAPN2、SIM2 |
兼容不同样本类型
图 1. μCaler® EMS Panel v1.0 应用于 gDNA 及 cfDNA 样本时的捕获表现。A. gDNA 样本;B. cfDNA 样本;C. Fold 80 base penalty;D. gDNA 样本靶区域 CpG total depth (去重后)。使用 NadPrep® Methyl Library Preparation Module 分别对样本进行预文库构建,gDNA 使用 NadPrep® DNA Methyl Bisulfite Conversion Module (BS) 进行甲基化文库转化,cfDNA 分别使用 BS 和酶学 (EM) 两种方式进行甲基化文库转化,500 ng/预文库投入,以 μCaler® Hybrid Capture Reagents v2 和 μCaler® EMS Panel v1.0 完成杂交捕获。
注:gDNA 样本为人类基因组 DNA 标准品 (Promega, G1471),投入量 50 ng;cfDNA 样本为血浆 cfDNA,投入量 20 ng。
图 2. μCaler® EMS Panel v1.0 应用于不同等级 FFPE 样本时的捕获表现。A. 捕获表现;B. Fold 80 base penalty。使用 NadPrep® Methyl Library Preparation Module 分别对样本进行预文库构建,衔接 NadPrep® DNA Methyl Bisulfite Conversion Module 进行甲基化文库转化,500 ng/预文库投入,以 μCaler® Hybrid Capture Reagents v2 和 μCaler® EMS Panel v1.0 完成杂交捕获。
注:FFPE 为临床肺癌样本,投入量 50 ng。样本分级标准:FFPE B:15 Kb 左右有主带,但存在中度弥散;FFPE C:条带主要分布在 200-2500 bp,呈弥散状;FFPE D:条带主要分布在 100-1000 bp,呈弥散状。
临床样本检测表现
结直肠癌
图 4. μCaler® EMS Panel v1.0 应用于临床结直肠癌及其癌旁组织时的甲基化水平检出情况。A. 结直肠癌配对样本 CpG 甲基化水平;B. 结直肠癌候选 Biomarker 在临床样本中的 CpG 甲基化水平。
注:CRC: Colorectal Cancer;Pt: Peritumoral tissue。
卵巢癌
图 5. μCaler® EMS Panel v1.0 应用于临床卵巢癌及其癌旁组织时的甲基化水平检出情况。A. 卵巢癌配对样本 CpG 甲基化水平;B. 卵巢癌候选 Biomarker 在临床样本中的 CpG 甲基化水平。
注: OVCA: Ovarian Cancer;Pt: Peritumoral tissue 。
肺癌
货号 |
管盖 颜色 |
产品名称 |
包装 体积 |
包装/储存温度 |
1101502 |
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μCaler® EMS Panel v1.0, 16 rxn |
40 μL |
-25~-15℃ |
1101501 |
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μCaler® EMS Panel v1.0, 96 rxn |
210 μL |
-20~-15℃ |
产品 |
货号 |
μCaler® EMS Panel v1.0, 16 rxn |
1101502 |
μCaler® EMS Panel v1.0, 96 rxn |
1101501 |
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