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解决方案

OncoFu Elite (for RNA) Panel v1.0

货号：

#1001511
#1001512

OncoFu Elite (for RNA) Panel v1.0 靶向实体瘤研究中最为常见或有临床意义的融合相关的 105 个基因；探针叠瓦式覆盖其在 RefSeq 109 中正式收录的所有转录本编码区及部分涉及融合发生的 UTR 区。该 Panel 支持 RNA 水平的融合、变异和基因表达信息的富集。

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基因列表及覆盖区域信息
ABL1*†	ABL2	AKT3	ALK	ARHGAP26	AXL	BCL2†	BCOR*	BRAF	BRD3*	BRD4*	CAMTA1
CCNB3*	CCND1	CIC†	COL6A3	CSF1R	DNAJB1	EGFR	EML4	EPC1*	ERBB2†	ERG*	ESR1
ETS1	ETV1*	ETV4	ETV5*	ETV6*	EWSR1	FGFR1	FGFR2	FGFR3	FGR*	FLI1	FLT3
FOSB	FOXO1	FUS	GLI1	HMGA2	INSR	JAK2*	JAK3	JAZF1	KIF5B†	KIT†	KMT2A
MAML2	MAST1	MAST2	MEAF6	MET*	MLLT3	MSH2	MSMB†	MUSK	MYB	MYC	NCOA1*
NCOA2*	NOTCH1	NOTCH2	NOTCH3†	NR4A3*	NRG1	NTRK1	NTRK2	NTRK3	NUMBL	NUTM1	PAX3
PAX7	PDGFB	PDGFRA	PDGFRB†	PHF1*	PIK3CA*	PKN1	PLAG1*	PPARG*	PRKACA	PRKCA	PRKCB
RAF1	RARA*	RELA	RET	ROS1	RSPO2*	RSPO3	SS18	STAT6*	TAF15	TCF12†	TCF3
TERT	TFE3	TFEB	TFG	THADA	TMPRSS2*†	TP53*	USP6*	YWHAE*

* 覆盖全部 5'-UTR；†覆盖全部 3'-UTR。

产品表现

捕获表现

图 1. OncoFu Elite (for RNA) Panel v1.0 的捕获表现。A. 典型的捕获测序数据组成，B. 捕获测序与RNAseq数据靶基因相对丰度的比较。 Human Brain Total RNA 标准品 (HBR，Clontech，货号：636530) 利用 NadPrep^® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep^® DNA 通用型文库构建试剂盒系列建库，分别进行：直接测序 (RNAseq)，或 RNA 捕获测序 (OncoFu E)。

融合检测示例

图 2.OncoFu Elite (for RNA) Panel v1.0 应用于 FFPE 融合 RNA 参考品的基因融合分析示例。A. OncoFu E 靶向富集与 RNAseq 的比较；B. 参考品倍数稀释后OncoFu E 的靶向富集表现。100 ng Seraseq^® FFPE Tumor Fusion RNA v4 Reference Material利用 NadPrep^® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep^® DNA 通用型文库构建试剂盒系列建库，分别进行：直接测序 (RNAseq)，去除 rRNA 测序 (rRNA-depleted RNAseq，NEBNext rRNA Depletion Kit v2) 和 RNA 捕获测序 (OncoFu E)，并取 1 Gb 数据量进行融合分析 (FusionCatcher v1.10)。

本产品仅限研究使用，不用于临床诊断。

货号	管盖颜色	产品名称	包装体积	包装/储存温度
1001512		OncoFu Elite (for RNA) Panel v1.0, 16 rxn	70 μL	-20℃
1001511		OncoFu Elite (for RNA) Panel v1.0, 96 rxn	415 μL	-20℃
1001513		OncoFu Elite (for RNA) Panel v1.0, 480 rxn	415 μL × 5	-20℃

OncoFu Elite (for RNA) Panel v1.0 是否可用于捕获 DNA？

不可以，此 Panel 是基于转录本 cDNA 序列进行探针设计，不兼容 DNACap。

DNAcap 检测融合基因相较于 RNAcap 有哪些局限性？

1、Intron 区 repeats 无法放置探针；

2、Intron 区跨度巨大，需放置大量探针;

产品	货号
OncoFu Elite (for RNA) Panel v1.0, 16 rxn	1001512
OncoFu Elite (for RNA) Panel v1.0, 96 rxn	1001511
OncoFu Elite (for RNA) Panel v1.0, 480 rxn	1001513