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μCaler® DNA Full Screen System (甲基化与突变共检)

μCaler® DNA Full Screen System (甲基化与突变共检)

货号：
#1002421 #1002422
#1002811
#1106102 #1106101 #1106212 #1106211
#1105202 #1105201
μCaler® DNA Full Screen System 全流程解决方案搭载 MSRE (Methylation Sensitive Restriction Endonuclease) 技术和独家专利超灵敏度探针的杂交捕获系统 (μCaler® Hybrid System)，仅需 1 份起始样本 + 1 个杂交反应 + 1 套捕获探针，即可简单、快速、稳定实现超高灵敏度 DNA 甲基化与全景式突变 (SNV/InDel/CNV/Fusion 等) 共检测。
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产品特色

● 仅需 1 份样本，通过 1 个杂交反应和 1 套捕获探针即可实现多组学分析

● 无需 BS 转化，充分保留原始序列丰富度，提升数据利用率

● 简便快速的工作流程，单日内高效完成突变与甲基化同时检测

● 提升低丰度甲基化与超低频突变信号的检测灵敏度


方案流程

1-流程图

方案表现

稳定高效的酶切效率

图1

图 1. NadPrep® Epi 酶切模块对不同类型样本的酶切效率。 A. 不同甲基化水平的模拟样本与不同起始投入量的人类基因组 DNA 标准品 (Promega, G1471)；B. 临床 FFPE 和 cfDNA 样本。

注：甲基化阳性对照 100% Methylated DNA (zymo, D5014-2) 和阴性对照 0% Methylated DNA (zymo, D5014-1)，经不同比例混合以模拟不同甲基化水平 (0%，10%，50%) 。不同甲基化水平的模拟样本以及临床 FFPE 和 cfDNA 样本的起始投入量均为 10 ng。

充分保留原始序列信息，提升甲基化检测的有效覆盖深度

图2

图 2. μCaler® DNA Full Screen System 可提升数倍于 BS 处理方式的 CpG 位点的有效覆盖深度。A. 10 ng 起始投入不同甲基化水平模拟样本和 B. 不同起始投入 5% 甲基化水平模拟样本的 13 个 CpG 位点的平均覆盖深度。模拟样本分别利用 μCaler® DNA Full Screen System 全流程解决方案 (Full Screen) 和 μCaler® 靶向甲基化捕获解决方案 (BS) 完成杂交捕获。测序模式为 Illumina® Novaseq 6000，PE150；随机选取 1 M reads pair 进行数据分析。

精准定量甲基化水平，有效提升检测稳定性

图3

图 3. μCaler® DNA Full Screen System 对不同甲基化水平样本的检测结果与理论值一致。A. 不同甲基化水平的模拟样本；B. 随机选取 1 例临床结直肠癌组织样本。

注：Traditional_BS 利用 NadPrep® Hybrid Capture Reagents (过夜杂交) 完成捕获。

提升低丰度甲基化与超低频突变信号的检测灵敏度

样本来源于泛肿瘤 800 gDNA 标准品 (Genewell，GW-OGTM800) (Undiluted) 与人类基因组去甲基化质控品 (LDTBIO, LDT-600C) 按不同比例混合后，分别进行了 10 倍稀释 (1:10) 和 100 倍稀释 (1:100) ，从而构建了 3 种浓度梯度，旨在模拟不同水平的突变频率及不同的甲基化状态。


图4


图 4. μCaler® DNA Full Screen System 全流程解决方案联合分析应用于超低频突变与低丰度甲基化同时检测的表现。80 ng 模拟样本利用 μCaler® DNA Full Screen System 全流程解决方案，以 μCaler® Full Screen LF Custom Panel (＜5 Kb，覆盖 31 个 CpG 位点) 完成杂交捕获，随机选取 3 Gb 进行数据分析。 A. 不同位点的突变频率与标准品标称频率一致 [预文库含 UMI 分子标签，分析过滤标准为双链一致性序列 (Duplex Consensus Sequences, DCS211)]；B. 支持突变位点检出的平均 unique reads 数 (DCS211)；C. 不同模拟样本的甲基化水平。

有效区分肿瘤和健康人群

图4


图 5. μCaler® DNA Full Screen System 全流程解决方案应用于临床结直肠癌患者和健康人 cfDNA 检测的捕获表现。A. 靶区域 CpG 位点的甲基化水平；B. Z 值分析。
注：始投入量为 10 ng。T：临床结直肠癌患者血浆 cfDNA，其中 T-1~4 为结直肠癌早期患者，T-5 为晚期患者；N：健康人血浆 cfDNA。

本产品仅限研究使用，不用于临床诊断。

建库模块

包装编号 管盖颜色 组分名称 包装体积
1002421 (24 rxn) 		包装体积
1002422 (96 rxn)
Box1

EndRepair & A-Tailing Buffer Pro 180 µL 690 µL

End Repair & A-Tailing Enzyme Pro 120 µL 460 µL

Ligation Buffer 750 µL 2×1500 µL

DNA Ligase 65 µL 250 µL

2X HiFi PCR Master Pro Mix 720 µL 2×1600 µL

/

Nuclease Free Water 2.5 mL 8 mL

TE Solution 1 mL 4 mL
Box2

/

NadPrep SP Beads 4 mL 15 mL


通用截短型双端唯一接头模块 (for Illumina)

管盖颜色 组分名称 包装体积
1003240 (24 rxn) 		包装体积
1003241 (96 rxn) 		包装体积
1003242 (96 rxn)

NadPrep Universal UDI-index Primer Mix # 12×15 µL (Tube) 24×25 µL (Tube) 24×25 µL (Tube)

NadPrep Universal Stubby Adapter 60 µL (Tube) 230 µL (Tube) 230 µL (Tube)

NadPrep Amplification Primer Mix II 20 µL (Tube) 75 µL (Tube) 75 µL (Tube)


管盖颜色 组分名称

包装体积
1003251 (96 rxn)

包装体积
1003252 (96 rxn)

包装体积
1003253 (96 rxn)

包装体积
1003254 (96 rxn)

NadPrep Universal UDI-index Primer Mix  # 96×8 µL (Plate) 96×8 µL (Plate) 96×8 µL (Plate) 96×8 µL (Plate)

NadPrep Universal Stubby Adapter 260 µL (Tube) 260 µL (Tube) 260 µL (Tube) 260 µL (Tube)

NadPrep Amplification Primer Mix II 75 µL (Tube) > 75 µL (Tube) 75 µL (Tube) 75 µL (Tube)


管盖颜色 组分名称

包装体积
1003261 (1152 rxn)

包装体积
1003262 (1152 rxn)

包装体积
1003263 (1152 rxn)

包装体积
1003264 (1152 rxn)

NadPrep Universal UDI-index Primer Mix  # 96×72 µL (Tube) 96×72 µL (Tube) 96×72 µL(Tube) 96×72 µL (Tube)

NadPrep Universal Stubby Adapter 2×1350 µL (Tube) 2×1350 µL (Tube) 2×1350 µL (Tube) 2×1350 µL (Tube)

NadPrep Amplification Primer Mix II 900 µL (Tube) 900 µL (Tube) 900 µL (Tube) 900 µL (Tube)


双端唯一接头模块 (for MGI)

管盖颜色 组分名称 包装体积
1003711 (24 rxn) 		包装体积
1003721 (96 rxn) 		包装体积
1003722 (96 rxn) 		包装体积
1003725 (96 rxn) 		包装体积
1003726 (96 rxn)

NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix  # 12×15 µL (Tube) 24×25 µL (Tube) 24×25 µL (Tube) 24×25 µL (Tube) 24×25 µL (Tube)

NadPrep M-Adapter (DI) 60 µL (Tube) 230 µL (Tube) 230 µL (Tube) 230 µL (Tube) 230 µL (Tube)


管盖颜色 组分名称

包装体积
1003751 (96 rxn)

包装体积
1003752 (96 rxn)

包装体积
1003753 (96 rxn)

包装体积
1003754 (96 rxn)

NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # 96×8 µL (Plate) 96×8 µL (Plate) 96×8 µL (Plate) 96×8 µL (Plate)

NadPrep M-Adapter (DI) 260 µL (Tube) 260 µL (Tube) 260 µL (Tube) 260 µL (Tube)

NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI) 75 µL (Tube) 75 µL (Tube) 75 µL (Tube) 75 µL (Tube)


管盖颜色 组分名称

包装体积
1003761 (1152 rxn)

包装体积
1003762 (1152 rxn)

包装体积
1003763 (1152 rxn)

包装体积
1003764 (1152 rxn)

NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # 96×8 µL (Plate) 96×8 µL (Plate) 96×8 µL (Plate) 96×8 µL (Plate)

NadPrep M-Adapter (DI) 2×1350 µL (Tube) 2×1350 µL (Tube) 2×1350 µL (Tube) 2×1350 µL (Tube)

NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI) 900 µL (Tube) 900 µL (Tube) 900 µL (Tube) 900 µL >(Tube)


分子标签接头模块（for Illumina）

管盖颜色 组分名称 包装体积
1103111 (24 rxn) 		包装体积
1103121 (96 rxn) 		包装体积
1103122 (96 rxn)

NadPrep Universal UDI-Index Primer Mix # 12×15 µL 24×25 µL 24×25 µL

NadPrep UMI Adapter 60 µL 230 µL 230 µL

NadPrep Amplification Primer Mix II 20 µL 75 µL 75 µL


分子标签接头模块 (for MGI, DI)

管盖颜色 组分名称 包装体积
1003911 (24 rxn) 		包装体积
1003921 (96 rxn) 		包装体积
1003922(96 rxn) 		包装体积
1003925 (96 rxn) 		包装体积
1003926 (96 rxn)

NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # 12×15 µL 24×25 µL 24×25 µL 24×25 µL 24×25 µL

NadPrep BMI-Adapter 60 µL 230 µL 230 µL 230 µL 230 µL


Epi 酶切模块

管盖颜色 组分名称

包装体积
1002811 (24 rxn)

Epicut Buffer 60 μL

Epicut Enzyme Mix 30 μL

封阻序列

管/瓶盖颜色 名称

包装体积
1106102 (16 rxn)

包装体积
1106101 (96 rxn)

μCaler® NanoBlockers (for Illumina®) 40 μL 210 μL


管/瓶盖颜色 名称

包装体积

1106212 (16 rxn)

包装体积
1106211 (96 rxn)

μCaler® NanoBlockers (for MGI, DI) 40 μL 210 μL


杂交捕获试剂

包装编号 管/瓶盖颜色 名称

包装体积
1105202 (16 rxn)

包装体积
1105201 (96 rxn)

Box 1

μHyb #1 840 μL 3×1700 μL

μHyb #2 130 μL 790 μL

Human Cot DNA 45 μL

260 μL

μEnhancer 1300 μL 5×1600 μL
Box 2

Streptavidin Beads 480 μL 2.9 mL

/

Wash Buffer A Pro 2×5.8 mL 3×23 mL

/

Wash Buffer B 2.9 mL 20 mL

本产品仅限研究使用，不用于临床诊断。
使用 μCaler® DNA Full Screen System 进行的 MSRE 反应不完全的可能原因有哪些？该怎么解决？
可能原因 解决方案
样本存在反应抑制剂 (如 EDTA、高 pH 值等) 对样本进行纯化后再进行试验
试剂保存不当 试剂总量较大时，建议分装使用，避免反复冻融

使用 μCaler® DNA Full Screen System 杂交捕获后文库产出过高的可能原因有哪些？该怎么解决？
可能原因 解决方案
起始投入量过高 建议使用 Qubit™ 3.0 进行定量
扩增循环数偏高 根据操作指南推荐方案摸索最佳扩增循环数
洗脱过程未按照操作指南进行，导致脱靶严重 洗脱过程严格按照操作指南要求进行操作
使用 μCaler® DNA Full Screen System 杂交捕获后文库产出过低的可能原因有哪些？该怎么解决？
可能原因 解决方案
起始投入量不准确 实际起始投入量偏低，建议使用 qPCR 进行精确定量
转管时未将反应液全部转出 转管时务必将每一步的溶液全部转移至新的反应管
杂交以及磁珠纯化过程丢弃部分磁珠 洗脱过程操作避免过于剧烈，弃上清过程切勿丢失磁珠
使用 μCaler® DNA Full Screen System 杂交捕获后中靶率低的可能原因有哪些？该怎么解决？
可能原因 解决方案
洗脱过程产生大量气泡 移液器使用时需轻柔吹吸混匀，避免进入空气；若产生气泡，可先用移液器将液面上方气泡吸干净后再弃上清
未更换 PCR 管盖 严格按照说明书要求更换 PCR 管以及管盖
试剂未完全混匀 试剂使用前严格按照操作指南要求进行混匀，并置于相应的温度预热
类别 产品名称 规格 货号
建库模块 NadPrep® DNA Library Preparation Module v2, 24 rxn 24 rxn 1002421
NadPrep® DNA Library Preparation Module v2, 96 rxn 96 rxn 1002422
通用截短型双端唯一
接头模块 		NadPrep®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set A1, 24 rxn Index 1-12
 		1003240
NadPrep®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set B1, 96 rxn Index 1-24
 		1003241
NadPrep®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set B2, 96 rxn Index 25-48
 1003242
NadPrep®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E1, 96 rxn Index 1-96
 1003251
NadPrep®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E2, 96 rxn Index 97-192
 1003252
NadPrep®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E3, 96 rxn Index 193-288
 1003253
NadPrep®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E4, 96 rxn Index 289-384
 1003254
NadPrep®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set F1, 1152 rxn Index 1-96
 1003261
NadPrep®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set F2, 1152 rxn Index 97-192
 1003262
NadPrep®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set F3, 1152 rxn Index 193-288
 1003263
NadPrep®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set F4, 1152 rxn Index 289-384
 1003264
双端唯一接头模块 (for MGI) NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn MDI 1-12 1003711
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn MDI 1-24 1003721
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn MDI 25-48 1003722
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set B3 (for MGI), 96 rxn MDI 49-72 1003725
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set B4 (for MGI), 96 rxn MDI 73-96 1003726
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set E1 (for MGI), 96 rxn MDI 1-96 1003751
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set E2 (for MGI), 96 rxn MDI 97-192 1003752
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set E3 (for MGI), 96 rxn MDI 193-288 1003753
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set E4 (for MGI), 96 rxn MDI 289-384 1003754
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set F1 (for MGI), 1152 rxn MDI 1-96 1003761
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set F2 (for MGI), 1152 rxn MDI 97-192 1003762
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set F3 (for MGI), 1152 rxn MDI 193-288 1003763
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set F4 (for MGI), 1152 rxn MDI 289-384 1003764
分子标签接头模块
NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn MDI 1-12 1003911
NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn MDI 1-24 1003921
NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn MDI 25-48 1003922
NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B3 (for MGI), 96 rxn MDI 49-72 1003925
NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B4 (for MGI), 96 rxn MDI 73-96 1003926
NadPrep®️ UMI Adapter Kit Set A1 (with 10 nt Index), 24 rxn 1-12 1103111
NadPrep®️ UMI Adapter Kit Set B1 (with 10 nt Index), 96 rxn 1-24 1103121
NadPrep®️ UMI Adapter Kit Set B2 (with 10 nt Index), 96 rxn 25-48 1103122
Epi 酶切模块 NadPrep® Epicut Module, 24 rxn 24 rxn 1002811
Lambda DNA 参考品 Unmethylated Lambda DNA Control, 30 ng 30 ng 1005501
杂交捕获试剂 μCaler® Hybrid Capture Reagents v2, 16 rxn 16 rxn 1105202
μCaler® Hybrid Capture Reagents v2, 96 rxn 96 rxn 1105201
封阻序列 μCaler® NanoBlockers (for Illumina®), 16 rxn 16 rxn 1106102
μCaler® NanoBlockers (for Illumina®), 96 rxn 96 rxn 1106101
μCaler® NanoBlockers (for MGI, DI), 16 rxn 16 rxn 1106212
μCaler® NanoBlockers (for MGI, DI), 96 rxn 96 rxn 1106211

本产品仅限研究使用，不用于临床诊断。

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应用指南

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解决方案
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