新品上线 | So easy! 8 分钟一步操作轻松去除 rRNA (下)

浏览量：4269 / 发布时间：2023-10-20

在上篇中，我们详细介绍了 rRNA 快速封阻全流程解决方案的工作原理：rRNA Blocking Reagent (Human) 针对人类 rRNA 设计，与总 RNA 中的 rRNA 结合，有效阻止 rRNA 的反转录，从而实现了高效的去除效果。

与传统的 rRNA 去除方法相比，快速去除法 (封阻法) 最显著的特点是操作简便且耗时更短。在下篇中，我们将从多个方面全面展示该方案的性能表现。

01 rRNA 快速封阻全流程解决方案

纳昂达推出 rRNA 快速封阻全流程解决方案，旨在以成本更经济和操作更简单的方式实现 rRNA 的封阻。该方案仅需一步操作即可快速高效地完成 rRNA 封阻，无需耗费大量时间和精力。其核心产品，rRNA 封阻试剂：NadPrep® rRNA Blocking Reagent (Human)，含有高亲和力寡核苷酸，与人源 rRNA 结合后可有效阻止其反转录，从而显著降低 rRNA 在测序文库中的占比。

图 1. rRNA Blocking Reagent (Human) 封阻原理

图 2. rRNA 快速封阻全流程解决方案 (双链 DNA 的合成)

02 方案表现

2.1 兼容不同质量等级的 FFPE 样本

将 rRNA 快速封阻全流程解决方案运用于不同质量等级 FFPE 来源的 RNA 样本中，结果显示，对于不同质量等级的样本，NadPrep® rRNA Blocking Reagent (Human) 均可有效封阻 rRNA，rRNA 残留量均低于 5%。

图 3. NadPrep® rRNA 快速封阻全流程解决方案应用于不同质量等级 FFPE 样本时的表现。A. rRNA 占比；B. 基因检出个数； C.转录本覆盖。

注：250 ng 投入，DV 200 分别为 72%、 69%、 61%、 57%、 48%、 32%。

2.2 兼容第三方 RNA 文库构建试剂盒

为了展示 rRNA 快速封阻全流程解决方案与第三方 RNA 文库构建试剂盒的适配度，我们使用 250 ng 细胞系 RNA 样本，分别衔接 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒、KAPA RNA HyperPrep Kit (Cat # KK8540) 以及 NEBNext® Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina® (Cat # E7770) 完成文库构建工作。结果显示，rRNA 快速封阻全流程解决方案可以有效兼容第三方 RNA 文库构建试剂盒，且有效封阻 rRNA。

图 4. NadPrep® rRNA 快速封阻全流程解决方案衔接第三方 RNA 文库构建试剂盒应用效果。A. rRNA 占比； B.基因检出个数；C. 转录本覆盖； D.表达谱相关性。

2.3 兼容 MGI & Illumina 双平台

为了展示 rRNA 快速封阻全流程解决方案运用于不同测序平台上的表现，我们使用不同类型的 RNA 样本分别衔接 NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module 构建 MGI 文库以及 NadPrep®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module 构建 Illumina 文库。在文库构建完成后，分别使用 DNBSEQ-T7 和 Novaseq 6000 测序仪进行测序 (PE150)。结果显示，rRNA 快速封阻全流程解决方案适配于 MGI 和 Illumina 双平台，所有数据在两个平台上均表现出较高的一致性。

图 5. 250 ng 投入量下不同类型样本在 MGI & Illumina 双平台中的表现。A. rRNA 占比；B. 基因检出个数。

2.4 竞品比较

为了比较竞品间及不同方法学对 rRNA 封阻的实际效果，我们选取 rRNA 快速封阻全流程解决方案、友商 A (封阻法) 及友商 B (RH 酶消化法) 衔接 NadPrep® 总 RNA 反转模块和 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒进行文库构建。结果显示，在不同类型的 RNA 样本 (包括细胞系 RNA 样本、A 级和 B 级 FFPE 来源的 RNA 样本) 中，采用 rRNA 快速封阻全流程解决方案的 rRNA 残留量最低。