转录组测序 (RNA-Seq) 文库制备一般分为常规性和链特异性两类，其核心差异在于是否在测序文库中保留转录本的方向性信息。其中，链特异性文库在制备过程中保留了转录本的方向性，测序与下游分析时可判定转录本来源于 DNA 的正义链还是反义链；而常规性文库在 cDNA 合成过程中会丢失方向性信息，测序数据无法直接区分转录方向。与常规性 RNA-Seq 相比，链特异性 RNA-Seq 更能准确地统计转录本数量，明确基因结构，同时识别反义转录本以及发现更多新转录本，因此是研究基因结构与表达调控的重要手段。总体而言，文库制备方法的选择应基于实验目的、成本预算及参考转录组的可用性等因素；若需获取转录本方向性信息，应优先选择链特异性文库。无论选择何种方案，均应严格按照试剂盒使用说明书执行相应操作以确保数据质量。
NadPrep® 快速 RNA 文库构建试剂盒广泛适用于不同质量分级的总 RNA、经 poly(A) 富集的 mRNA、经 rRNA 去除后的 RNA文库制备。需要特别注意的是，不同来源的总 RNA 中 mRNA 含量差异较大，若总 RNA 起始投入量过低，可能无法获得足够的 mRNA 以构建高质量文库。
NadPrep® 快速 RNA 文库构建试剂盒适用于大多数不同质量等级的细胞、新鲜组织等来源的 RNA 样本。对于片段化程度严重 (DV200 < 20) 的 FFPE 组织来源样本，反转录效率可能较低，建议适当增加 PCR 扩增循环数；若利用 FFPE 组织来源的样本进行 RNA 靶向捕获测序时，可适当提高 RNA 起始投入量以提升捕获效率。
RNAase 污染：实验全程应使用 RNase Free 耗材并在无 RNase 污染的环境下操作，否则会影响反转录效率，导致文库产出偏低。
样本纯度低：若 RNA 样本中残留过多的螯合剂、胍盐、苯酚、乙醇等杂质，会抑制反转录酶活性。建议按照使用说明书正文步骤七：扩增产物纯化使用 2X NadPrep® SP Beads 对 RNA 样本进行纯化，注意替换洗脱试剂为 Nuclease Free Water。
样本质量差：对于质量较差的 RNA 样本，建议按照使用说明书推荐适当增加 PCR 扩增循环数。
对于完整度较高的细胞、新鲜组织来源的 RNA (A/B 级) 样本，建议采用方案 I (分选)，以获得更理想的文库片段分布。
对于完整度较低的高度降解的细胞、冻存组织来源的 RNA (D 级)，FFPE 组织来源的 RNA (C/E 级) 样本，建议采用方案 II (纯化)。由于此类 RNA 样本本身片段化严重，直接对连接产物进行纯化可最大限度保留原始信息，减少有效序列的损失。
可以。NadPrep® 快速 RNA 文库构建试剂盒兼容多种 rRNA 去除模块和 mRNA 富集模块，并可与靶向捕获体系联用。主要衔接建议如下：
1) 衔接 rRNA 去除模块 (推荐)：优先选择对应物种的 NadPrep® rRNA 快速封阻模块，按照使用说明书附录 2：衔接 NadPrep® rRNA快速封阻模块 (推荐) 完成文库制备。可选产品包括：
2) 衔接 mRNA 富集模块：可灵活选择第三方 mRNA 富集模块。经相应流程处理后的 RNA 样本应使用 Nuclease Free Water 进行洗脱，随后按照使用说明书正文步骤一：RNA 片段化 & 随机引物结合进行文库制备。
3) 衔接靶向 RNA 测序：推荐使用纳昂达液相杂交捕获体系进行靶向捕获，按照相应操作指南 (www.njnad.com) 完成捕获文库构建。