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该试剂盒不支持直接使用 RNA 样本进行文库构建,仅适用于 gDNA 或 cDNA 作为起始模板。若使用 RNA 样本,需预先通过逆转录合成 cDNA,然后以 cDNA 为起始模板进行多重扩增文库构建。
该试剂盒适用于 50-2000 ng 的 gDNA 或 cDNA 起始样本。若样本起始量 > 2000 ng,应将样本分为多个独立反应进行文库构建,以确保扩增效率不受影响。
该试剂盒扩增产物的主峰分布于 270 bp 左右。推荐采用 PE150 测序读长模式,以确保数据的高质量覆盖。
以 200 ng 起始模板量为例,可实现 0.01% 克隆丰度的检出。推荐起始数据量 ≥ 0.3 Gb,若需提高低频克隆的检出能力,建议适当增加测序数据量。
该试剂盒包含 IG Primer Mix 和 TR Primer Mix 基因特异性引物分管,允许在单次扩增反应中灵活组合使用。凭借高灵敏度特性,该试剂盒能够满足 MRD 监测技术开发及临床应用需求,适用于低频变异检测场景。
  • 若共建库样本为共提取 total 核酸样本,需同时对样本中的 RNA 和 DNA 进行 Qubit 定量,并按说明书推荐扩增循环进行文库扩增。
  • 实验过程中须使用 RNase-free 耗材,操作环境确保无 RNase 污染,否则会影响 RNA 样本的反转效率。
  • 共建库核酸样本中若含有过多的螯合剂、胍盐、苯酚、蛋白质、乙醇等杂质,会影响 RNA 反转录酶活性以及 DNA 酶切效率,建议使用 2X NadPrep® SP Beads 纯化核酸样本,替换洗脱试剂为 Nuclease Free Water 后再进行文库构建。
  • 质量较差的样本可以适当提高 PCR 扩增循环数。

共建库核酸样本中若含有较高浓度的 EDTA 或过高 pH 会影响 DNA 的酶切效率,建议使用 2X NadPrep® SP Beads 纯化核酸样本,替换洗脱试剂为 Nuclease Free Water 后再进行文库构建。  

本试剂盒可以耐受含 EDTA(1 mM)的核酸样本 6 µL,即 cDNA 一链合成体系 EDTA 终浓度为 0.3 mM,此时 RNA 反转录抑制较少,且该浓度下共建库酶切效果无影响。建库前先确认样本溶剂,若超过推荐 EDTA 临界值则需要使用 2X NadPrep® SP Beads 纯化核酸样本,替换洗脱试剂为 Nuclease Free Water 后再进行文库构建。

混合核酸样本进行 RNA & DNA 共建库时,DNA 样本占比越多,酶切片段越大。可以参考说明书中预期插入片段长度和推荐酶切时间进行适当调整。

本试剂盒构建的文库可搭配 NEX-t Panel v1.0 和 NadPrep®️ ES Hybrid Capture Reagents 使用,可显著缩短病原靶向测序耗时,同时简化实验步骤。